生物医学搜索导航 2.0

生物医药社区微信群加入方式：关注德州游戏专栏公众号“蛋白矿工”寄生前夜1，回复“加群”即可获取加群二维码。题外话计算生物学两大核心技能：查数据库、做幻灯片。

自从生物医学搜索导航页上线以来，我们的生物医学搜索导航已经有了不少的用户，为此我不得不专门开了个腾讯云的套餐（雾），其实 武藤十梦2.0版本早在1.0版本上线之后不久就已经取代了原先的1.0版本，但是一直没有专门为此写一个介绍。

从去年10月份开始不知道被哪位大佬提点了一下网站的访问量急剧增长目前维持在几十MB左右

为了更好地帮助大家使用我们的数据库导航，以及“抛砖引玉”希望大家给网站更多的数据库和在线工具的建议，因而在这里发布一个2.0版本的介绍。

旧版本的网页介绍如下：

喵大侠：用一个搜索框搜索所有数据库——生物医学搜索导航1.0版本，欢迎拍砖~

GitHub版本：Bio-db Search 2.0

导航页的实现原理

由于一些数据库进行搜索时有着固定的网页url组成规则，因此，我们可以利用这一组成规则，直接跳转到搜索结果页面，而不需要先打开数据库的主页再进行搜索。基于这一简单的原理，用简单的JavaScript语句即可实现：

因而，有了这个函数，我们只需要在给定数据库搜索，获取其搜索结缺乏安全感果页面的url格式，即可完故意杀人罪量刑标准成这一过程，比如Uniprot数据库：

搜索p53上方地址栏中的www.uniprot/uniprot/?endaquery=p53&sort=score即为url

这一原理还可以拓展到很多别的生物信息学应用场景中，在此处就不多赘述了，如果各位有自己添加特定网站的需求而不便告诉我，可以win10家庭版升级专业版按照这一原理，自行修改网页的源代码自己使用。其方法也非常简单，有了上面的这一函数之后，只要在下面的各个标签中替换一些参数即可：

比如，在这里面，替换 search() 函数中的 url 即可！

当然，更欢需求理论迎大家如果有常用的生物医学类数据库或在线工具网站免费图片下载，联系我整理到我们的导航页中，大家一起学习和使用！

导航页挤出效应目前的基本数据库及其功能

目前，我们的导航页分为几个不同的板块，分别是：蛋白矿工、药物设计、酶与代谢、生物信息、生物结构、分子对接和分子建模。

这里主要介绍下几个主要板块的网站功能：

基本数据库

首先是常用的PubMed、维基百科以及谷歌学术这三个文献检索引擎，以及右侧的几个常用的检索蛋白、基因、代谢途径和化合物的数据库。

Uniprot：蛋白质信息数据库，包括蛋白质的种属、序列、亚溧阳白茶细胞定位、翻译后修饰、突变与疾病的关系、蛋白质家族、蛋白质结构等信息，是计算生物学基本的蛋白质信息数据库；

R美洲狮俱乐部CSB PDB：蛋白质结构数据库，最常用的蛋白质结构库；

Reactome：生物代谢通路数据库，可以查询与蛋白相关联的生物学信号通路，或者某一信号通路上涉及的蛋白质；

Gene Cards：基因信息数据库，这是一个比较综合性的基因信息数据库，同时也是网站用户提供建议而添加的数据库（不知道给出建议的用户还有没有在使用）；

ChemBL 和 唯心不易PubChem ：化合物信息数据库，可以在这两个数据库查询化合物的基本信息、物理性质、化学结构、生物活性、靶标等信息；

蛋白矿工数据库

蛋白矿淋病工标签下分为四个板块，蛋白质互作与蛋白质家族数据库、基本蛋白分析工具、基因表达数据库以及蛋白质突变与功能数据库，其中，ATLAS、Blast、ID Map是最常用的三种数据库/工具：

ATLAS：全称ProteinATLAS，是一个蛋白质表达数据库，通过这个数据库可以查看各种蛋白在组织和不同细胞系中的表达量，数据库界面非常美观，缺点是缺少一些细胞系，可以与另外两个数据库互为补充。

ID MAP：是Uniprot的一个常用工具，可以批量把其他数据库中的编号或者是基因名映射到Uniprot的ID，也可以反之从Uniprot ID映射到其心理咨询热线他的数据库！

药物设计

药物设计标签下分为药物设计数据库、药物研发在线工具以及药物靶标发现工具三个板块。

DrugBank 常用于查看上市或在研药物的信息，BindingDB常用于寻找药-靶相互作用的信息，比如根据某一化合物寻找其作用靶点，根据某一靶点搜索报道的阳性化合物。

DrugBank：生信风暴：Drugbank：最强大的综合性药物数据库，收藏

酶与代谢

这一部分主要是一些酶、信号通路、代谢通路的数据库，包括著名的通路数据库KEGG，以及人类代谢物与代谢通路数据库HMDB，此处还有可以进行代谢通路富集的KAAS、WebGestalt等网站。

BRENDA：沙拉尤：初识Enzydnf街霸me Database-BRENDA

KEGG：科学网-KEGG数据库简介 - 庞哲的博文

HMDB：知识"集"|代谢组学常用数据库之HMDB - 南京集思慧远生物科技有限公司

生物信息

生物信息标签下包含了一些常用的蛋白质表达修饰分析工具，以及光纤陀螺HMMER、MUSCLE这样的序列搜索和比对工具，值得一提的是，ESPrint可以用于绘制好看的多序列比对图，而CD-HIT可以用于对序列进行聚类，这两个Server中间的图是一个Sequence Logo，也就是反应序列上不同位点氨基酸/碱英国签证中心官网基保守性的示意图，对应的是一个生成这种Sequence Logo的在线工具WebLogo。

WebLogo：Seq logo 在线绘制工具——Weblogo

ESPrint：喵大侠：ESPrint 3.0 绘制多序列比对图简明使用方法

CD-HIT：去除冗余序列的超快超好用工具cd-hit

生物结构

这个标签下主要是OPM膜蛋白数据库，AlphaFold模型库以及SAVES蛋白质模型评价工具三个网站，但是为了网页整体排版的美观，把蛋白质表达与相互作用分析的工具也放到了这里面：

管理科学学报STRING：蛋白质-蛋白质相互作用分析工具，输入一个或多个蛋白质的Uniprot ID或基因名，从而分析这些蛋白质之间的相互作用网络以及这些蛋白质与其他蛋白质的相互作用网络；

分子对接与分子建模

后两者主要是页面最右侧的几个蛋白质-肽、蛋白-蛋白对接丹毒、多肽建模、蛋白质建模的在线工具。

最后，如果有希望添加到导航中的数据库或在线工具，欢迎评论或私信告知，多谢！