McDonald–Kreitman test

MK检验的原理是：在无选择作用的中性条件下，所研究基因的种内的同义、非同义突变应与种间同义、非同义突变成正比。反之，则推翻零假设，即基因在不同物种中受到了选择的作用。MK检验思路简洁，计算简单，但在检验中性假说方面却很有说服力。而且该检验与以上提到的检验相比，不需要很多假设限制，重组和种群大小的动态对检验结果没有影响。McDonald和Kreitman(1991)对所研究的DNA序列的位点首先进行分类，以区分种内差异和种间差异。将种内个体间无硷基差异而种间有明显硷基差异的位点，定义为固定位点(fixed site)，作为种间差异的标誌。将种内个体间有硷基差异的位点，定义为多态性位点(polymorphic site)，作为种内多态性的标誌。分辨出样本的多态位点和固定位点之后，将各位点上的突变再按同义突变位点和错义突变位点加以区分。按照MK检验的原理，在中性条件下：Pn/Ps=Dn/Ds,式中Dn代表既是非同义突变位点又是固定位点的位点数，Ds代表既是同义突变位点又是固定位点的位点数，Pn代表既是非同义突变位点又是多态位点的位点数，Ps代表既是同义突变位点又是多态位点的位点数。当选择作用存在于不同物种中时，上式两边会不相等。此时，可用统计学的G-test检验等式两边比例差异的显着性。若显着，也就是说物种间的错义突变数目大于基于种内多态性估计得到的期望值，说明基因在物种间受到了选择作用（周琦等，2004）。根据MK检验的原理可以看出，其套用的範围有限制，即只能对蛋白质编码区进行检测，而且只能利用DNA序列的数据。MK检验可以利用DnaSP软件计算。